Die Fischbestände des pazifischen Ozeans an der südamerikanischen Westküste, der Nord- und Ostsee und den Gewässern um Island, aus denen Fische zur Fischmehlgewinnung gefangen werden, werden laufend sorgfältig nach unabhängiger wissenschaftlicher Anleitung in monitoring-Programmen gemessen und beobachtet, um ein Überfischen bestimmter Meeresgebiete zu vermeiden.

Um sicher zu stellen, dass sich die Bestände nach einem Naturphänomen wie z.B. El Nino vor der pazifischen Küste erholen können, limitieren überwachte Fangstopps für alle Fischarten die Fangmengen. Der Fang z.B. vor der Küste Perus findet wegen der fangfreien Laichzeiten der Fische nur etwa 2-3 Monate im Jahr statt. Fische zur Herstellung von Fischmehl werden mit konventionellen Fischerbooten gefangen, deren Netzgrößen regierungsamtlich überprüft werden. Die für die Herstellung von Fischmehl und Fischöl verwendeten Fischarten wie z.B. Lodde, Stintdorsch, und Anchovis gelten nach FAO-Richtlinien als nicht überfischt und sind für die menschliche Ernährung aus geschmacklichen Gründen oder wegen des sehr hohen Grätenanteils kaum verwendbar. Mit engen Fangquoten auf Industriefisch und der strikten Kontrolle der produzierenden Nationen ist das Überfischen der Bestände trotz der wachsenden Bedarfe in der Aquakultur nicht zu erwarten.

Anfänglich wurden in der Aquakultur hauptsächlich Fischabschnitte aus der Lebensmittelproduktion zu so genannten "Feucht-Pellets" verarbeitet und als Futter für die Zuchtfische eingesetzt. Das rasante Wachstum dieser Industrie hatte zur Folge, dass die bisherige Futterherstellung nicht mehr zeitgemäß war, um den Qualitätsansprüchen gerecht zu werden. Auch die Umweltbelastung wurde zu groß.

Eiweißkonzentrate wurden entwickelt, die nahezu die natürlichen Diäten der Fische widerspiegelten. Die Basis hierfür waren: Fischmehl und Fischöl mit bis zu 40% Fettgehalt und einem Proteingehalt, welcher der natürlichen Beute sehr nahe kommt.

Die Frage, die sich stellt, ist, ob bei einem weiterhin starken Wachstum der Kultivierung von Marinespezies das Füttern mit Wildfischen in Form von Fischmehl und Fischöl fortschreiten kann? Die gesamte Fangflotte wird anhand eines "Trackers" über Satellit überwacht, um die exakte Position aller Boote beobachten zu können. Diese Art der Kontrolle scheint sehr effektiv zu sein, da bisher nie die erlaubte Quote überschritten wurde.

Die weltweite Produktion von Fischmehl und -öl ist seit Jahren konstant bei sechs bis sieben Millionen Tonnen stehen geblieben, obwohl die Produktion von Trockenfutter für die Aquakultur drastisch zugenommen hat. Im Zuge dieser Entwicklung der Aquaindustrie hat sich der Fischmehlbedarf von anderen Einsatzgebieten verlagert, z.B. Schweine- und Geflügelzucht. Ebenfalls wurde der steigende Bedarf für Fischöl im Fischfutter durch die Reduzierung von Fischöl in Margarine kompensiert.